A exposição permanente do Museu Antropológico Diretor Pestana ocupa uma área de 500m2. O objetivo da mesma é retratar aspectos da caminhada do homem que viveu e vive nesta região do Estado, sobretudo, no município de Ijuí.

A exposição permanente inicia com o índio pré-missioneiro, primeiro habitante desta região, com seus instrumentos em pedra e cerâmica, seguida do índio missioneiro, principalmente através de sua arte e dos bens culturais produzidos por seus descendentes, hoje, no Rio Grande do Sul. O negro e o caboclo que aqui habitaram antes da chegada dos imigrantes são retratados a seguir. A exposição destaca, ainda, aspectos da fundação e colonização do município, a imigração, facetas da agricultura e trabalho rural, os processos produtivos artesanais, comunicação e transporte, indústria e comércio, energia, serviços, esporte e lazer, ensino, religião, usos e costumes e a moradia. O espaço final da exposição foi reservado às manifestações culturais de Ijuí hoje.

O Museu disponibiliza aos seus visitantes uma área com 135 m² para exposições de curta duração, a fim de possibilitar a apresentação de outras manifestações culturais e, ao mesmo tempo, atrair públicos com interesses diferenciados.

 Temáticas diferenciadas são abordadas nas exposições temporárias realizadas periodicamente. Palestras, seminários e oficinas fazem parte da programação de cada exposição. Contíguo a esse espaço, há ainda um auditório para 60 pessoas todo equipado.